Dica rápida, nada que você não pudesse pesquisar na Web. Se você precisa juntar múltiplos arquivos PDF em um só, leia esse artigo do Linux.com.
Para quem não gosta (ou não sabe) de inglês, vai aí minha dica favorita:
gs -dBATCH -dNOPAUSE -q -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=resultado.pdf arquivo1.pdf arquivo2.pdf arquivo3.pdf
Esse comando depende do GhostScript, que já está presente na maioria dos desktops GNU/Linux.
Atualização: os comentários da versão em inglês têm links para outras soluções, não apresentadas pelo Linux.com.